Calcium-regulated DNA Binding and Oligomerization of the Neuronal Calcium-sensing Protein, Calsenilin/DREAM/KChIP3
Notice bibliographique
Résumé
Calsenilin/DREAM/KChIP3, a member of the recoverin branch of the EF-hand superfamily, interacts with presenilins, serves as a calcium-regulated transcriptional repressor, and interacts with A-type potassium channels. Here we report physicochemical characterization of calcium binding, oligomerization, and DNA binding of human calsenilin/DREAM/KChIP3. Equilibrium Ca(2+) binding measurements indicate that the protein binds 3 Ca(2+) with a dissociation constant of 14 microM and a Hill coefficient of 0.7. Dynamic light scattering and size exclusion chromatography show that the Ca(2+)-bound protein exists as a dimer at protein concentrations lower than 150 microM and forms a tetramer at concentrations above 200 microM. The Ca(2+)-free protein is a tetramer in the concentration range 20-450 microM. Isothermal titration calorimetry and dynamic light scattering indicate that the Ca(2+)-free protein tetramer binds endothermically (DeltaH = +25 kcal/mol) to four molecules of DNA derived from the downstream regulatory element (DRE) of either the prodynorphin or c-fos genes. One DRE molecule binds tightly to the protein with a dissociation constant (K(d)) of 75 nM, and the other three bind more weakly (K(d) = 640 nM). No significant DNA binding was observed for the Ca(2+)-bound protein. The N-terminal protein fragment (residues 1-70) binds nonspecifically to DRE in a Ca(2+)-independent manner, whereas a C-terminal fragment containing the four EF-hands (residues 65-256) binds DRE (K(d) = 200 nM) in a Ca(2+)-regulated and sequence-specific fashion. The C-terminal fragment is a tetramer in the Ca(2+)-free state and dissociates into dimers at saturating Ca(2+) levels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».