Transposition of pGh9:IS<i>S1</i> is random and efficient in <i>Streptococcus thermophilus</i> CNRZ368
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus thermophilus bacteria are used as a starter in the fermentation of yogurts and many cheeses. To construct mutants of S. thermophilus CNRZ368, the use of the plasmid pGh9:ISS1 was considered. This plasmid is known to be a good tool for insertional mutagenesis in gram-positive bacteria, owing to its ability to integrate in the genome by a mechanism of replicative transposition. However, the presence of three endogenous ISS1 copies in the genome of S. thermophilus CNRZ368 and the possible occurrence of homologous recombination could reduce the efficiency of pGh9:ISS1 as a tool for generating mutants. To address this question, the ability of pGh9:ISS1 to transpose randomly in the genome of strain CNRZ368 was investigated. The results of our experiments indicated that: (i) the frequency of transposition of ISS1 was high, approximately 2 x 10(-2), in S. thermophilus CNRZ368; (ii) the integration of multiple tandem copies of the plasmid was frequent; (iii) homologous recombination events between ISS1 were not predominant; and (iv) plasmid pGh9:ISS1 transposed randomly around the S. thermophilus CNRZ368 chromosome. In addition, we describe the strategy used to localize the pGh9:ISS1 insertion locus on the physical map of strain CNRZ368 and the method used to clone the regions flanking this insertion site, especially when multiple copies of the plasmid were integrated in tandem.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».