PHEXdb, a locus-specific database for mutations causing X-linked hypophosphatemia
Notice bibliographique
Résumé
X-linked hypophosphatemia (XLH) is a dominant disorder of phosphate (Pi) homeostasis characterized by growth retardation, rachitic and osteomalacic bone disease, hypophosphatemia, and renal defects in Pi reabsorption and vitamin D metabolism. The gene responsible for XLH was identified by positional cloning and designated PHEX (formerly PEX) to depict a Phosphate regulating gene with homology to Endopeptidases on the X chromosome. To date, 131 mutations in the PHEX gene have been reported. We undertook to centralize information on mutations in the PHEX gene by establishing a database search tool, PHEXdb (http://data.mch.mcgill.ca/phexdb). This site is dedicated to the collection and distribution of information on PHEX mutations, and is accessible to the scientific community. PHEXdb provides a submission form to allow the addition of newly identified mutations in the PHEX gene. Users can search the database by mutation, phenotype, and authors who have published or submitted mutations. The PHEXdb home page includes links to information pages, which refer to recent publications on PHEX, XLH, and murine Hyp and Gy homologues, and to other web pages relevant to XLH. This resource will facilitate the identification of PHEX structure-function relationships and phenotype-genotype correlations.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,034 | 0,023 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».