Multilocus sequence analysis of Borrelia bissettii strains from North America reveals a new Borrelia species, Borrelia kurtenbachii
Notice bibliographique
Résumé
Using multilocus sequence analyses (MLSA), we investigated the phylogenetic relationship of spirochaete strains from North America previously assigned to the genospecies Borrelia bissettii. We amplified internal fragments of 8 housekeeping genes (clpA, clpX, nifS, pepX, pyrG, recG, rplB, and uvrA) located on the main linear chromosome by polymerase chain reaction. Phylogenetic analysis of concatenated sequences of the 8 loci showed that the B. bissettii clade consisted of 4 closely related clusters which included strains from California (including the type strain DN127-Cl9-2/p7) and Colorado that were isolated from Ixodes pacificus, I. spinipalpis, or infected reservoir hosts. Several strains isolated from I. scapularis clustered distantly from B. bissettii. Genetic distance analyses confirmed that these strains are more distant to B. bissettii than they are to B. carolinensis, a recently described Borrelia species, which suggests that they constitute a new Borrelia genospecies. We propose that it be named Borrelia kurtenbachii sp. nov. in honour of the late Klaus Kurtenbach. The data suggest that ecological differences between B. bissettii and the new Borrelia genospecies reflect different transmission cycles. In view of these findings, the distinct vertebrate host-tick vector associations and the distributions of B. bissettii and B. kurtenbachii require further investigation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».