The Ludwig Institute for Cancer Research Melbourne Melanoma Cell Line Panel
Notice bibliographique
Résumé
We established a range of melanoma cell lines from patient material (Table 1) termed Ludwig-Melbourne-Melanoma (LM-MEL-) followed by a unique number (method: Anaka et al., 2012). These lines have been human leucocyte antigen (HLA)-typed, their mutational status for common mutated genes in melanoma determined using the Sequenom MelCarta panel, and their transcriptomes profiled. All lines are tested for mycoplasma, and ethical approval for research purposes has been granted by the Austin Health Human Research Ethics Committee (HREC). Therapeutic options for advanced stage melanoma are limited, and despite the recent success with inhibitors of mutant v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1 (BRAF) activity, long-lasting responses remain rare (Chapman et al., 2011). Immunotherapy may help overcome treatment failure, and there has been some success in the clinic with immunotherapy agents (Hodi et al., 2010). Knowledge of the antigen presenting major histocompatibility complex (MHC) class I HLA-types and antigenic proteins expressed by model systems is crucial for the preclinical testing of immunological interventions such as therapeutic cancer vaccines. Cancer-testis antigens (CTAg) and differentiation-antigens [mainly regulated by the microphtalmia-associated transcription factor (MITF)], represent two of the most studied families of potential cancer vaccine targets in melanoma (Caballero and Chen, 2009); and show various degrees of tissue-restriction and immunogenicity. The expression levels of some of these ‘immune-targetable’ genes premelanosome protein (PMEL), melan-A(MLANA), tyrosinase (TYR) and members of the melanoma antigen family (MAGE) in the LM-MEL cell lines are shown as an example in Figure 1. The complete gene-expression data and available additional clinical data of the here presented cell line panel are accessible online at ArrayExpress (http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-1496/) and in Table S1. All cell lines are available upon request for a small handling fee or on a collaborative basis and slides for IHC from matched patient tumors and matched PBMCs/sera are accessible for some lines in limited quantities. AB is supported by a fellowship from the Cure Cancer Australia Foundation. JC and AB are supported by a grant from the Melanoma Research Alliance (MRA) and JC is supported by a practitioner fellowship from the Nation Health and Medical Research Council (NHMRC). This research was supported in part by the Cancer Council Victoria (CCV), the Austin Medical Research Foundation (AHMRF) and Operational Infrastructure Support Program Funding of the Victorian State Government. Please note: The publisher is not responsible for the content or functionality of any supporting information supplied by the authors. Any queries (other than missing content) should be directed to the corresponding author for the article.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,040 | 0,026 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».