Analysis and clinical correlation of genetic variation in cytomegalovirus
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Cytomegalovirus (CMV) displays genetic polymorphisms in multiple genes, which may result in important virulence differences. Glycoprotein N (gN) and immediate early 1 (IE1) are key viral genes and immune targets. We aimed to characterize the molecular epidemiology of gN and IE1 genotypes in organ transplant patients with CMV disease in the context of clinical and virologic endpoints. METHODS: A total of 240 patients with CMV disease had genotyping analysis by nested polymerase chain reaction assays and sequencing using blood samples obtained at disease onset. Results were correlated with viral clearance kinetics and recurrence. RESULTS: Complex patterns of gN and IE1 genotypes were present with no clear genetic linkages. No single genotype of IE1 or gN was associated with poorer outcome. For example, different gN or IE1 genotypes had comparable baseline viral load, clearance half-lives, time to clearance, and rates of virologic recurrence. Mixed infection was present at IE1 in 15.8% and gN in 21.9%, but analysis of a single gene was insufficient to detect all mixed infections. Infections caused by multiple strains, as opposed to single strains, were associated with higher baseline viral loads (P = 0.011), delayed viral clearance (P = 0.033), and higher rates of virologic recurrence (P = 0.008). CONCLUSIONS: Genetic diversity in CMV is complex. Specific gN or IE subtypes do not seem to affect in vivo viral virulence patterns in single-strain infections. Mixed infections demonstrate associations with virologic outcomes that single-strain infections do not.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».