Multiple Occurrences of an Efficient Self-Phosphorylating Deoxyribozyme Motif
Notice bibliographique
Résumé
The catalytic and structural characteristics of two new self-phosphorylating deoxyribozymes (referred to as deoxyribozyme kinases), denoted "Dk3" and "Dk4", are compared to those of Dk2, a previously reported deoxyribozyme kinase. All three deoxyribozymes not only utilize GTP as the source of activated phosphate and Mn(II) as the divalent metal cofactor but also share a common secondary structure with significant sequence variations. Multiple Watson-Crick helices are identified within the secondary structure, and these helical interactions confine three extremely conserved sequence elements of 8, 5, and 14 nucleotides in length, presumably for the formation of the catalytic core for GTP binding and the self-phosphorylating reaction. The locations of the conserved regions suggest that these three deoxyribozymes arose independently from in vitro selection. The existence of three sequence variants of the same deoxyribozyme from the same in vitro selection experiment implies that these catalytic DNAs may represent the simplest structural solution for the DNA self-phosphorylation reaction when GTP is used as the substrate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».