Prevalence and molecular characterization of Clostridium difficileisolated from feedlot beef cattle upon arrival and mid-feeding period
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The presence of indistinguishable strains of Clostridium difficile in humans, food animals and food, as well as the apparent emergence of the food-animal-associated ribotype 078/toxinotype V as a cause of community-associated C. difficile infection have created concerns about the potential for foodborne infection. While studies have reported C. difficile in calves, studies of cattle closer to the age of harvest are required. Four commercial feedlots in Alberta (Canada) were enrolled for this study. Fecal samples were collected at the time of arrival and after acclimation (< 62, 62-71 or > 71 days on feed). Selective culture for Clostridium difficile was performed, and isolates were characterized by ribotyping and pulsed-field gel electrophoresis. A logistic regression model was built to investigate the effect of exposure to antimicrobial drugs on the presence of C. difficile. RESULTS: Clostridium difficile was isolated from 18 of 539 animals at the time of feedlot arrival (CI = 2.3-6.1) and from 18 of 335 cattle at mid-feeding period (CI = 2.9-13.1). Overall, there was no significant difference in the prevalence of C. difficile shedding on arrival versus mid-feeding period (P = 0.47). No association between shedding of the bacterium and antimicrobial administration was found (P = 0.33). All the isolates recovered were ribotype 078, a toxinotype V strain with genes encoding toxins A, B and CDT. In addition, all strains were classified as NAP7 by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and had the characteristic 39 base pairs deletion and upstream truncating mutation on the tcdC gene. CONCLUSIONS: It is apparent that C. difficile is carried in the intestinal tracts of a small percentage of feedlot cattle arriving and later in the feeding period and that ribotype 078/NAP7 is the dominant strain in these animals. Herd management practices associated with C. difficile shedding were not identified, however further studies of the potential role of antimicrobials on C. difficile acquisition and shedding are required.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».