Characterization and genetic variability of<i>Fusarium verticillioides</i>strains isolated from corn and sorghum in Brazil based on fumonisins production, microsatellites, mating type locus, and mating crosses
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium verticillioides (Gibberella fujikuroi mating population A) is a producer of fumonisins and one of the main contaminants of corn grains. In Brazil, some studies analyzing strains isolated from corn have demonstrated high levels of fumonisins, whereas the levels for strains isolated from sorghum have been found to be low. In the present study, we investigated the genetic diversity of 22 F. verticillioides strains isolated from corn and 21 strains isolated from sorghum cultivated in the State of São Paulo, Brazil. Differences in the genetic profile were observed between the strains isolated from the two substrates using single primer amplification reaction by polymerase chain reaction (SPAR-PCR). Fumonisins levels were higher in strains isolated from corn than in those isolated from sorghum. The MAT-1 and MAT-2 alleles were identified by PCR, and the isolates were subsequently crossed with Fusarium thapsinum (G. fujikuroi mating population F) reference strains because this species is morphologically similar to F. verticillioides and produces low levels of fumonisins. The SPAR haplotypes of some strains isolated from sorghum were similar to the F. thapsinum reference strain haplotypes, but there was no fertile mating between the strains isolated from the two substrates and the F. thapsinum references strains. The MAT-1:MAT-2 proportion was 5:17 and 14:7 for isolates from corn and sorghum, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».