Structural and Functional Characterization of a Thioredoxin-Like Protein (Mt0807) from <i>Methanobacterium thermoautotrophicum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Mt0807 is an 85-residue thiol-redox protein from the anaerobic archaebacterium Methanobacterium thermoautotrophicum. Its small size, its participation in certain redox reactions, and the presence of a "classic" glutareodoxin active-site sequence have led to the suggestion that it might be a glutaredoxin. However, studies by previous workers indicated that it exhibited neither glutaredoxin-like nor thioredoxin-like properties. To clarify the true role of this protein and its structure/functional relationship with a paralogous thioredoxin (Mt0895, 28% sequence identity) and a recently characterized orthologous protein (Mj0307, 51% sequence identity), we undertook a series of biochemical and biophysical studies. Comparative enzymatic assays and thiol titration experiments were combined with NMR structural studies and detailed 3D structure comparisons. Structurally, our results show that Mt0807 has a glutaredoxin-like fold (central four-stranded beta-sheet core surrounded by two helices on one side and a third on the other). However, more detailed comparisons with other members of the thioredoxin superfamily indicate that Mt0807 actually has several key structural and active-site characteristics more common to a thioredoxin. Furthermore, biochemical tests show that Mt0807 actually behaves as true thioredoxin. Comparisons between Mt0807 and its paralogue, Mt0895, indicate these two archaebacterial thioredoxins share very similar folds, but exhibit very different activities and likely serve somewhat different roles. On the basis of its greater relative abundance and significantly stronger redox activity, we believe that Mt0807 is the primary thioredoxin for M. thermoautotrophicum, while Mt0895 plays a minor or supportive role. We also suggest that these two molecules (Mt0807 and Mt0895) may represent a group of ancient proteins that were ancestral to both thioredoxins and glutaredoxins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».