Exploring the Mechanism of Binding of UDP-Galactopyranose to UDP-Galactopyranose Mutase by STD-NMR Spectroscopy and Molecular Modeling
Notice bibliographique
Résumé
UDP-galactopyranose mutase (UGM) is the key enzyme involved in the biosynthesis of Galf. In this study, reliable structural binding modes of the natural substrate, UDP-Galp, and inhibitor, UDP, in the UGM active site were provided with the combined use of STD-NMR spectroscopy, molecular modeling, and CORCEMA-ST calculations. UDP-Galp and UDP exhibited similar binding epitopes recognized by UGM. However, the relative binding affinities of the ligands changed dramatically upon reduction of UGM, as explored by competitive STD-NMR experiments. UDP-Galp competes with UDP for binding to UGM, especially when UGM is in its reduced state. Docking studies for predicting the binding mode within the active site of the two monomers in UGM explored the possibility that the mobile loop might act as a gateway for substrate binding, and the structure of the binding cleft in monomer A might be a closer approximation of the substrate-bound active site than monomer B. Important information regarding the critical interactions of UGM with UDP-Galp has been obtained.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».