Abstract 3155: Identification of biomarkers of chemoresistance in serous epithelial ovarian cancer by integrative molecular profiling
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Development of primary resistance to carboplatin and paclitaxel pose a major challenge in the management of ovarian cancer. To identify the molecular mechanisms underlying this process, we used microarrays to profile the 1) copy number alteration and SNP, 2) mRNA, 3) miRNA and 4) methylation signatures in 11 chemoresistant and 13 sensitive tumour samples, as defined by the RECIST criteria. The profiles are analyzed by Bayes statistics, based on R/Bioconductor packages, and the relevant pathways determined using the Ingenuity Pathway Analysis. The data from each array platforms are integrated using bioinformatic analytical and visual tools developed in house to not only decipher the most critical biological pathways, but also to identify the molecular mechanisms driving the pathways. Analysis to date identified the metabolic network involving HNRNPC, JAK1, Erbb2, ARF1, among others, which converge to deregulate the PI3K pathway. Interestingly, this is consistent with PTEN loss which is frequently observed in serous low grade tumours. The complexity of this pathway is reflected by its implication in multiple biological functions including growth promoting pathways, proliferation, differentiation, anti-apoptosis, tumorigenesis and angiogenesis. The integrated analysis will dissect and elucidate the roles that the CNA, SNP, methylation and miRNA play in the deregulation of this and other pathways involved in primary chemoresistance. Our research findings will yield diagnostic and prognostic biomarkers that will lead to development of specific treatment regimens for the improved control of serous epithelial ovarian cancer. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 3155. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-3155
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».