Identifying Pigmentation-Related Genes in <i>Ophiostoma piceae</i> Using <i>Agrobacterium</i>-Mediated Integration
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Wood sapstain, a cosmetic defect that results in significant economical loss to forest-products industries, is caused by mycelial melanization of the wood-colonizing ophiostomatoid fungi. To improve our understanding of how melanin biosynthesis is regulated in the cosmopolitan sapstaining fungus, Ophiostoma piceae, we used insertional mutagenesis. Insertional mutants were generated by restriction enzyme-mediated integration (REMI) and Agrobacterium-mediated integration (AMI). We screened 1,053 REMI and 1,083 AMI transformants and found 30 mutants with impaired growth or pigmentation. We characterized four AMI transformants in more detail, in which the T-DNA integrated at a single locus. The albino mutant TOPA45 had incorporated the T-DNA in a polyketide synthase gene (PKS1). The mutants TOPA1 and TOPA1076 displayed reduced pigmentation. In TOPA1, the T-DNA was inserted into a gene that encodes a putative protein kinase activator whereas, for TOPA1076, it was inserted into a gene that encodes a protein with unknown function. Finally, the vegetative hyphae of mutant TOPA814 were not melanized, whereas the synnemata displayed the same level of pigmentation as the wild type. In the TOPA814 mutant, segregation analysis revealed that the mutant phenotype was not linked to the T-DNA insertion locus but to a translocation from the PIG1 locus to the left border of the T-DNA. The protein predicted for the PIG1 locus had a middle homology region that was specific to fungal transcription factors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».