Polymerization of the SAM domain of MAPKKK Ste11 from the budding yeast: Implications for efficient signaling through the MAPK cascades
Notice bibliographique
Résumé
The sterile alpha-motif (SAM) is a protein module approximately 70 residues long and mainly involved in the protein-protein interactions of cell signaling and transcriptional repression. The SAM domain of the yeast MAPKKK Ste11 has a well-folded dimeric structure in solution. Interestingly, the well-folded dimer of the Ste11 SAM undergoes a time-dependent self-assembly upon lowering of the pH, leading to the formation of high molecular weight oligomers. The oligomeric structures rapidly disassemble to the well-folded dimer upon reversal of the pH to close to neutral conditions. Circular dichroism (CD) and atomic force microscopy (AFM) experiments demonstrate that the oligomeric structure formed at pH 5.0 appears to be highly helical and has architecture akin to proto-fibrils. Residue-specific kinetics of pH-triggered oligomerization obtained from real-time 15N-1H HSQC experiments indicate that the dimer-oligomer transition appears to involve all residues of the well-folded dimeric structure of the Ste11 SAM. Very interestingly, the interactions of the Ste11 and Ste50 SAM domains also lead to the formation of non-homogeneous hetero-complexes with significant populations of high molecular weight aggregates. AFM imaging shows that the Ste11-Ste50 hetero-polymeric aggregates assume the shapes of circular nano-particles with dimensions of 50-60 nano-meters (nm), in contrast to the proto-fibrils formed by the Ste11 SAM domain alone. Such intrinsic propensity for dimer to oligomer transition of the Ste50-binding SAM domain of Ste11 may endow the MAPKKK Ste11 with unique functional properties required for efficient and high fidelity signal transduction in the budding yeast.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».