From gene expression profiles to biological validation in enteroviral heart disease.
Notice bibliographique
Résumé
In humans, coxsackievirus B3 is the primary etiological agent of viral myocarditis, an inflammatory disease process involving the heart muscle. Specific therapy is currently unavailable. Viral myocarditis is a complex, multiphasic infectious-inflammatory-reparative process. To address the temporal dimensionality of myocarditis, array- and nonarray-based molecular techniques, and histological and functional assays were used to help define enteroviral pathogenesis and its relation to heart failure. The application of high throughput genomic strategies and bioinformatics tools - coupled with established molecular techniques - have allowed us to perform a large-scale analysis of gene expression to better understand the host response to viral infection. Differential messenger RNA display, spotted complementary DNA arrays and Affymetrix Gene Chips (Affymetrix, United States) were used to study murine hearts during acute viremic, inflammatory and reparative stages. The observed global decreases in expression of metabolic and mitochondrial genes were focused on. The authors have previously characterized the role of mitochondria-triggered apoptosis, and pro- and anti-apoptotic Bcl-2 family proteins in enteroviral infections. The impact of altered mitochondrial transcripts on such host cell death and on metabolic injury to the heart is currently under study. In the authors' experience, the experimental progression from high throughput, unbiased analysis to biological validation has been only partially systematic. Insights are offered into the logic behind the selection of genes of potential interest for further investigation in the myocarditis model. A series of criteria for validatory decision-making, which the authors have developed based on their experiences, is described. Such criteria reflect known or putative gene function and expression patterns, as well as pragmatic considerations in the determination of steps toward investigation. This approach may help other investigators who need to dissect large genomic data sets to find targets for biological confirmation. Together, the authors' genomic studies have generated new, testable hypotheses regarding the interaction between host and enterovirus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».