An Exchange-Free Measure of <sup>15</sup>N Transverse Relaxation: An NMR Spectroscopy Application to the Study of a Folding Intermediate with Pervasive Chemical Exchange
Notice bibliographique
Résumé
A series of experiments are presented that provide an exchange-free measure of dipole-dipole (15)N transverse relaxation, R(dd), that can then be substituted for (15)N R(1rho) or R(2) rates in the study of internal protein dynamics. The method is predicated on the measurement of a series of relaxation rates involving (1)H-(15)N longitudinal order, anti-phase (1)H and (15)N single-quantum coherences, and (1)H-(15)N multiple quantum coherences; the relaxation rates of all coherences are measured under conditions of spin-locking. Results from detailed simulations and experiments on a number of protein systems establish that R(dd) values are independent of exchange and systematic errors from dipolar interactions with proximal protons are calculated to be less than 1-2%, on average, for applications to perdeuterated proteins. Simulations further indicate that the methodology is rather insensitive to the exact level of deuteration so long as proteins are reasonably highly deuterated (>50%). The utility of the methodology is demonstrated with applications involving protein L, ubiquitin, and a stabilized folding intermediate of apocytochrome b(562) that shows large contributions to (15)N R(1rho) relaxation from chemical exchange.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».