p53 polymorphism in codon 72 and risk of human papillomavirus-induced cervical cancer: effect of inter-laboratory variation
Notice bibliographique
Résumé
An association between codon-72 p53 polymorphism and risk of human papillomavirus (HPV)-induced cervical cancer has been found recently, but it has been difficult to replicate. In this study, we assess the impact of inter-laboratory variation in p53 genotyping on the validity of the proposed association. DNA specimens were randomly selected from 54 invasive, squamous cell carcinoma cases, 52 HPV-negative, and 39 HPV-positive controls from a previous case-control study in Brazil. Codon-72 polymorphism was blindly analyzed in three different laboratories. We calculated age- and race-adjusted odds ratios (OR) and 95% confidence intervals (CI) using logistic regression for gauging the association between p53 polymorphism and cervical cancer risk. The proportions of the Arg/Arg, Arg/Pro, and Pro/Pro genotypes varied substantially among laboratories with Kappa coefficients in the 0.49-0.63 range. When disagreement between labs was allowed, the OR for the Arg/Arg genotype, compared to other forms, was as low as 1.5 (95% CI: 0.5-3. 9). In contrast, the OR increased to 8.0 (95% CI: 2.3-28.5) after exclusion of discordant genotypes. Restricting the comparison to HPV-positive controls increased the magnitude of the relation appreciably. After exclusion of all discordant diagnoses, the OR was 21.5 (95% CI: 3.4-137.8), whereas with disagreed genotypes the association was not significant (OR = 2.9, 95% CI: 0.7-11.9). Homozygous codon-72 p53-Arg apparently confers a higher susceptibility to HPV-associated cervical tumorigenesis. However, exposure misclassification consequent to inter-laboratory variation in protocols may affect the ability to detect the association.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».