The Effect of Insertions and Deletions on Wirings in Protein-Protein Interaction Networks: A Large-Scale Study
Notice bibliographique
Résumé
Although insertions and deletions (indels) are a common type of sequence variation, their origin and their functional consequences have not yet been fully understood. It has been known that indels preferably occur in the loop regions of the affected proteins. Moreover, it has recently been demonstrated that indels are significantly more strongly correlated with functional changes than substitutions. In sum, there is substantial evidence that indels, not substitutions, are the predominant evolutionary factor when it comes to structural changes in proteins. As a consequence it comes natural to hypothesize that sizable indels can modify protein interaction interfaces, causing a gain or loss of protein-protein interactions, thereby significantly rewiring the interaction networks. In this paper, we have analyzed this relationship in a large-scale study. We have computed all paralogous protein pairs in Saccharomyces cerevisiae (Yeast) and Drosophila melanogaster (Fruit Fly), and sorted the respective alignments according to whether they contained indels of significant lengths as per a pair Hidden Markov Model (HMM)-based framework of a recent study. We subsequently computed well known centrality measures for proteins that participated in indel alignments (indel proteins) and those that did not. We found that indel proteins indeed showed greater variation in terms of these measures. This demonstrates that indels have a significant influence when it comes to rewiring of the interaction networks due to evolution, which confirms our hypothesis. In general, this study may yield relevant insights into the functional interplay of proteins and the evolutionary dynamics behind it.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».