Defining a Stem Length-Dependent Binding Mechanism for the Cocaine-Binding Aptamer. A Combined NMR and Calorimetry Study
Notice bibliographique
Résumé
We have used a combined approach of NMR spectroscopy and isothermal titration calorimetry (ITC) to determine the ligand-binding mechanism employed by a cocaine-binding aptamer. We found that the length of the stem containing the 3' and 5' termini determines the nature of the binding mechanism. When this stem is six base pairs long, the secondary structure of the aptamer is fully folded in the free form and only putative tertiary interactions form with ligand binding. If this stem is shortened by three base pairs, the free form of the aptamer contains little secondary structure, and ligand binding triggers secondary structure formation and folding. This binding mechanism is supported by both NMR spectral changes and the ITC measured heat capacity of binding (ΔC(p)°). For the aptamer with the long stem the ΔC(p)° value is -557 ± 29 cal mol(-1) K(-1) and for the aptamer with the short stem the ΔC(p)° value is -922 ± 51 cal mol(-1) K(-1). Chemical shift perturbation data and the observation of intermolecular NOEs indicate that the three-way junction is the site of ligand binding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».