DNase I – DNA interaction alters DNA and protein conformations
Notice bibliographique
Résumé
Human DNase I is an endonuclease that catalyzes the hydrolysis of double-stranded DNA predominantly by a single-stranded nicking mechanism under physiological conditions in the presence of divalent Mg and Ca cations. It binds to the minor groove and the backbone phosphate group and has no contact with the major groove of the right-handed DNA duplex. The aim of this study was to examine the effects of DNase I - DNA complexation on DNA and protein conformations. We monitored the interaction of DNA with DNase I under physiological conditions in the absence of Mg2+, with a constant DNA concentration (12.5 mmol/L; phosphate) and various protein concentrations (10-250 micromol/L). We used Fourier transfrom infrared, UV-visible, and circular dichroism spectroscopic methods to determine the protein binding mode, binding constant, and effects of polynucleotide-enzyme interactions on both DNA and protein conformations. Structural analyses showed major DNase-PO2 binding and minor groove interaction, with an overall binding constant, K, of 5.7 x 10(5) +/- 0.78 x 10(5) (mol/L)-1. We found that the DNase I - DNA interaction altered protein secondary structure, with a major reduction in alpha helix and an increase in beta sheet and random structures, and that a partial B-to-A DNA conformational change occurred. No DNA digestion was observed upon protein-DNA complexation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».