Mutational Analysis of the <i>Sinorhizobium meliloti</i> Short-Chain Dehydrogenase/Reductase Family Reveals Substantial Contribution to Symbiosis and Catabolic Diversity
Notice bibliographique
Résumé
The short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family is one of the largest and most ubiquitous protein families in bacterial genomes. Despite there being a few well-characterized examples, the substrate specificities or functions of most members of the family are unknown. In this study, we carried out a large-scale mutagenesis of the SDR gene family in the alfalfa root nodule symbiont Sinorhizobium meliloti. Subsequent phenotypic analysis revealed phenotypes for mutants of 21 of the SDR-encoding genes. This brings the total number of S. meliloti SDR-encoding genes with known function or associated phenotype to 25. Several of the mutants were deficient in the utilization of specific carbon sources, while others exhibited symbiotic deficiencies on alfalfa (Medicago sativa), ranging from partial ineffectiveness to complete inability to form root nodules. Five of the mutants had both symbiotic and carbon utilization phenotypes. These results clearly demonstrate the importance of the SDR family in both symbiosis and saprotrophy, and reinforce the complex nature of the interaction of S. meliloti with its plant hosts. Further analysis of the genes identified in this study will contribute to the overall understanding of the biology and metabolism of S. meliloti in relation to its interaction with alfalfa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».