An Australian environmental survey reveals moderate <i>Spiroplasma</i> biodiversity: characterization of four new serogroups and a continental variant
Notice bibliographique
Résumé
An environmental survey of tabanid host spiroplasma carriage was undertaken at 10 collection sites in Australia during February 1999. A total of 164 tabanid flies, representing 27 species, were collected and sustainable spiroplasma isolations were made from 48 of the flies. The morphology of the cultured spiroplasmas, as observed in M1D medium under dark-field microscopy, was typical of either (i) Apis group spiroplasmas (relatively thick cells (approximately 150 nm) with six or more turns) or (ii) chrysopicola-syrphidicola-TAAS-1 clade spiroplasmas (narrower, often much shorter cells) serologically related to Spiroplasma serogroup VIII. Repetitive serological analyses, involving successive rounds of dilution cloning and serological reevaluation, identified one serotype referable to the Spiroplasma serogroup VIII strain complex and five putative members of the Apis clade. Apis clade placement for these five groups was verified using 16S rRNA phylogenetic analyses. Among the Apis clade members, one serotype representing 11 isolates was identified as a geographic variant of Spiroplasma turonicum. Spiroplasma turonicum (Tab4C) was originally isolated from a tabanid Haematopoda sp. in France. The other 34 isolates represented four new serogroups (= putative species). The following strains are proposed as representatives of the new serogroups: strain GSU5478 (group XXXIX), strain GSU5490 (group XL), strain GSU5508 (group XLI), and strain GSU5603 (group XLII). In summary, six serogroups were observed from isolations originating from seven distinct sample sites in Australia. Surprisingly, the serotype with the greatest geographical range (five sites from 16 degrees 48.9'S to 35 degrees 40.0'S) and the greatest host diversity (nine species over three genera) was the geographic variant of S. turonicum, which had only been reported previously in France.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».