An integrated genetic, genomic and systems approach defines gene networks regulated by the interaction of light and carbon signaling pathways in Arabidopsis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Light and carbon are two important interacting signals affecting plant growth and development. The mechanism(s) and/or genes involved in sensing and/or mediating the signaling pathways involving these interactions are unknown. This study integrates genetic, genomic and systems approaches to identify a genetically perturbed gene network that is regulated by the interaction of carbon and light signaling in Arabidopsis. RESULTS: Carbon and light insensitive (cli) mutants were isolated. Microarray data from cli186 is analyzed to identify the genes, biological processes and gene networks affected by the integration of light and carbon pathways. Analysis of this data reveals 966 genes regulated by light and/or carbon signaling in wild-type. In cli186, 216 of these light/carbon regulated genes are misregulated in response to light and/or carbon treatments where 78% are misregulated in response to light and carbon interactions. Analysis of the gene lists show that genes in the biological processes "energy" and "metabolism" are over-represented among the 966 genes regulated by carbon and/or light in wild-type, and the 216 misregulated genes in cli186. To understand connections among carbon and/or light regulated genes in wild-type and the misregulated genes in cli186, the microarray data is interpreted in the context of metabolic and regulatory networks. The network created from the 966 light/carbon regulated genes in wild-type, reveals that cli186 is affected in the light and/or carbon regulation of a network of 60 connected genes, including six transcription factors. One transcription factor, HAT22 appears to be a regulatory "hub" in the cli186 network as it shows regulatory connections linking a metabolic network of genes involved in "amino acid metabolism", "C-compound/carbohydrate metabolism" and "glycolysis/gluconeogenesis". CONCLUSION: The global misregulation of gene networks controlled by light and carbon signaling in cli186 indicates that it represents one of the first Arabidopsis mutants isolated that is specifically disrupted in the integration of both carbon and light signals to control the regulation of metabolic, developmental and regulatory genes. The network analysis of misregulated genes suggests that CLI186 acts to integrate light and carbon signaling interactions and is a master regulator connecting the regulation of a host of downstream metabolic and regulatory processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».