How many species are in the genus <i>Batrachuperus</i>? A phylogeographical analysis of the stream salamanders (family Hynobiidae) from southwestern China
Notice bibliographique
Résumé
Phylogeographical analysis of DNA sequence data has been routinely used to test species boundaries using the monophyly criterion; however, a complementary criterion, reproductive isolation, is often ignored. We used a combination of phylogenetic and population genetic approaches to determine species boundaries among stream salamanders in the genus Batrachuperus. First, cytochrome b sequence data from 174 Batrachuperus individuals, sampled from 78 populations, were used to reconstruct historical relationships within the genus. Second, allozyme data for 14 presumptive nuclear loci, from 463 individuals sampled from 60 populations, were collected and analysed to assess population similarity or disparity, as well as potential reproductive isolation. The DNA sequence data grouped all populations into seven major monophyletic groups, and the allozyme data provided evidence for reproductive isolation among four of the seven groups, thereby supporting the species status of these groups. The allozyme data suggested that two of the other groups share the same gene pool, and therefore belong to a single species. Finally, the allozyme data revealed two reproductively isolated units within the seventh group, which we suggest represents a case of 'budding speciation' based on the DNA gene tree. In total, seven species of the genus Batrachuperus were defined, two of which were previously unknown. The phylogeographical analysis also revealed that vicariance events might have dominated the evolutionary history of this group, but the speciation events might precede the formation of the existing mountain topology. This study demonstrates the importance of including frequency data from multiple nuclear gene loci in determining species boundaries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».