Clinical and molecular epidemiology of norovirus infection in childhood diarrhea in China
Notice bibliographique
Résumé
A prospective investigation was carried out among pediatric outpatients and inpatients with acute non-dysenteric diarrhea between August, 2008 and July, 2009 in Shanghai, Hangzhou, Chongqing, and Tianjin, China. One step real-time RT-PCR was used for detection of norovirus (NoV) genogroups I and II (GI, GII). The NoV genotypes were classified based on partial capsid sequences. Rotavirus (RV) was detected in parallel. Among 4,123 fecal samples from outpatients, 1,067 (25.9%) were NoV-positive, of which 1,051 (98.5%) belonged to GII and 1,309 (31.7%) were RV-positive. In the inpatient group (n = 317), 25.6% were NoV-positive and 41.6% were RV-positive. Four hundred and fifty-one out of 1,067 NoV-positive strains were sequenced and genotyped and 6 typed strains were GI (3 GI.3, 2 GI.5, 1 GI.4) and 445 typed strains were GII. GII strains clustered into nine genotypes including GII.4 2006b (69.2%), the only GII.4 variant identified in this study, followed by GII.3 (23.8%), GII.6 (3.6%), GII.12 (1.3%), GII.2 (0.9%), GII.13 (0.4%), GII.14 (0.2%), GII.7 (0.2%), and GII.16 (0.2%). A peak of NoV infections was observed during the cold season in Tianjin, while NoV activity was higher between late summer and autumn and lower during winter in Shanghai, Hangzhou, and Chongqing. NoV is a common causative agent of childhood diarrhea in China and the seasons of NoV-associated diarrhea varies between regions. The results show that NoV GII.4 2006b was the predominant strain circulating in China between 2008 and 2009.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».