Cloning, Expression, Characterization, and Nucleophile Identification of Family 3, Aspergillus nigerβ-Glucosidase
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The beta-glucosidase from Aspergillus niger (CMI CC 324262) was purified, and an N-terminal sequence and two internal sequences were determined. BglI genomic gene and the cDNA were cloned from a genomic library and by reverse transcriptase-polymerase chain reaction, respectively. The cDNA was successfully expressed in Saccharomyces cerevisiae and Pichia pastoris. Sequence analysis revealed that the gene encodes a 92-kDa enzyme that is a member of glycosidase family 3. (1)H-NMR analysis of the reaction catalyzed by this enzyme confirmed that, in common with other family 3 glycosidases, this enzyme hydrolyzes with net retention of anomeric configuration. Accordingly, the enzyme was inactivated by 2-deoxy-2-fluoro beta-glucosyl fluoride, with kinetic parameters of k(i) = 4.5 min(-1), K(I) = 35.4 mM, through the trapping of a covalent glycosyl enzyme intermediate. The catalytic competence of this intermediate was demonstrated by the fact that incubation with linamarin resulted in reactivation, presumably via a transglycosylation mechanism. Peptic digestion of the 2-deoxy-2-fluoroglucosyl enzyme and subsequent analysis of high pressure liquid chromatography eluates by electrospray ionization triple quadrupole mass spectrometry in the neutral loss mode allowed the localization of a 2-deoxy-2-fluoroglucosyl-peptide. Sequence determination of this labeled peptide by tandem mass spectrometry in the daughter ion scan mode permitted the identification of Asp-261 as the catalytic nucleophile within the sequence VMSDW. Asp-261 is fully conserved within this family, consistent with its key role, and aligns with the aspartic acid residue previously identified in the Aspergillus wentii enzyme by labeling with conduritol B epoxide (Bause, E., and Legler, G. (1974) Hoppe-Seyler's Z. Physiol. Chem. 355, 438-442).
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle