A Framework for Assessing the Concordance of Molecular Typing Methods and the True Strain Phylogeny of Campylobacter jejuni and C. coli Using Draft Genome Sequence Data
Notice bibliographique
Résumé
Tracking of sources of sporadic cases of campylobacteriosis remains challenging, as commonly used molecular typing methods have limited ability to unambiguously link genetically related strains. Genomics has become increasingly prominent in the public health response to enteric pathogens as methods enable characterization of pathogens at an unprecedented level of resolution. However, the cost of sequencing and expertise required for bioinformatic analyses remains prohibitive, and these comprehensive analyses are limited to a few priority strains. Although several molecular typing methods are currently widely used for epidemiological analysis of campylobacters, it is not clear how accurately these methods reflect true strain relationships. To address this, we have developed a framework and associated computational tools to rapidly analyze draft genome sequence data for the assessment of molecular typing methods against a "gold standard" based on the phylogenetic analysis of highly conserved core (HCC) genes with high sequence quality. We analyzed 104 publicly available whole genome sequences (WGS) of C. jejuni and C. coli. In addition to in silico determination of multi-locus sequence typing (MLST), flaA, and porA type, as well as comparative genomic fingerprinting (CGF) type, we inferred a "reference" phylogeny based on 389 HCC genes. Molecular typing data were compared to the reference phylogeny for concordance using the adjusted Wallace coefficient (AWC) with confidence intervals. Although MLST targets the sequence variability in core genes and CGF targets insertions/deletions of accessory genes, both methods are based on multi-locus analysis and provided better estimates of true phylogeny than methods based on single loci (porA, flaA). A more comprehensive WGS dataset including additional genetically related strains, both epidemiologically linked and unlinked, will be necessary to more comprehensively assess the performance of subtyping methods for outbreak investigations and surveillance activities. Analyses of the strengths and weaknesses of widely used typing methodologies in inferring true strain relationships will provide guidance in the interpretation of this data for epidemiological purposes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».