Bacterial community dynamics in liquid swine manure during storage: molecular analysis using DGGE/PCR of 16S rDNA
Notice bibliographique
Résumé
Denaturant gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of polymerase chain reaction-amplified DNA fragments prepared from extracted DNA using universal 16S rDNA primers was used to compare the composition of bacterial communities in liquid swine manure (LSM) during incubation in aerated and in non-aerated laboratory reactors. The LSM was initially dominated by 13 phylotypes whose identities were established by excising and cloning DGGE bands, and comparing the 16S rDNA sequences with those available in GenBank. With varying degrees of similarity, Clostridium butyricum, Clostridium disporicum, a Pedobacter sp., two Rhodanobacter sp., a spirochete, and seven uncultured eubacterial sequences were identified. The chemical composition, total microbial populations determined by direct microscopic count, and DGGE profiles of the LSM were stable during anaerobic storage for 7 weeks. However, the community composition of the LSM changed substantially with aeration, the DGGE bands in the original sample receding in intensity as the manure community became dominated by phylotypes most closely related to the aerobes Bacillus thuringiensis, Sphingobacterium mizutae, a ‘Sphingobacterium-like’ bacterium, and a Paenibacillus sp. When continuously aerated, the pH rose from 8 to 9.5, the ammonium-N content decreased, populations of culturable aerobes increased 150-fold, and total bacterial populations remained stable. DGGE analysis of manure fractionated into planktonic and biofilm (flocs and aggregates) communities suggested that Clostridium populations were stable in biofilms during aeration, whereas the aerobes that ultimately dominated the LSM community were primarily in the planktonic phase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».