Synthesis, Characterization, and Applications of a Fluorescent Probe of DNA Damage
Notice bibliographique
Résumé
We have designed and generated a 90-mer oligonucleotide that contains a single adduct of benzo[a]pyrene diol epoxide (BPDE) and that is fluorescently labeled. The known amount of BPDE adduct in a given length of DNA makes this probe a useful standard for DNA damage assay. The BPDE-90-mer was fluorescently labeled with tetramethylrhodamine to allow for high sensitivity detection with laser-induced fluorescence (LIF). The binding of both double-stranded and single-stranded BPDE-90-mer with three anti-BPDE antibodies was studied using affinity capillary electrophoresis (CE). Formation of antibody complex with BPDE-90-mer results in a shift in migration time from that of the unbound BPDE-90-mer. Affinity CE/LIF studies suggest that antibody 8E11 has high-affinity suitable for immunoassay of BPDE-DNA adducts. A competitive immunoassay using the fluorescent probe and CE/LIF is demonstrated for the analysis of BPDE-DNA adducts in A549 human lung carcinoma cells incubated with 2.5, 5, and 10 microM BPDE for 2 h. The design of the 90-mer probe is flexible to substitute different DNA damage types with relative ease. The fluorescent 90-mer is composed of six shorter oligonucleotides. The sequence of the two center oligonucleotides may be changed depending on the desired DNA lesion measurement. By inserting different damaged oligonucleotides, a variety of DNA damage systems can be investigated using the same CE/LIF approach.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».