Analysis of Codon Usage Patterns of Bacterial Genomes Using the Self-Organizing Map
Notice bibliographique
Résumé
Codon usage varies both between organisms and between different genes in the same organism. This observation has been used as a basis for earlier work in identifying highly expressed and horizontally transferred genes in Escherichia coli. In this work, we applied Kohonen's self-organizing map to analysis of the codon usage pattern of the Escherichia coli, Aquifex aeolicus, Archaeoglobus fulgidus, Haemophilus influenzae RD:, Methanococcus jannaschii, Methanobacterium thermoautotrophicum, and Pyrococcus horikoshii genomes for evidence of highly expressed genes and horizontally transferred genes. All of the analyzed genomes had a clear category of horizontally transferred genes, and their apparent percentages ranged from 7.7% to 21.4%. The apparent percentage of highly expressed genes ranges from 0% to 11.8%. A clustering of average codon usage of main gene categories of the seven genomes showed an interesting mixing of gene classes in four thermophilic/hyperthermophilic organisms, A. aeolicus, A. fulgidus, M. thermoautotrophicum, and P. horikoshii, which suggests possible origins of their horizontally transferred genes as well as the need for adaptation to a specific environment. Further classification of the three gene categories in E. coli and H. influenzae according to gene function revealed that genes involved in communication (such as regulation and cell process) and structure (cell structure and structural proteins) are more likely to be horizontally transferred than are genes involved in information (transcription, translation, and related processes) and in some groups of energy (such as energy metabolism and carbon compound catabolism).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».