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Enregistrement W2056254634 · doi:10.1074/jbc.m508858200

Differential Transcriptional Regulation by Mouse Single-minded 2s

2006· article· en· W2056254634 sur OpenAlexfundno aff
Richard P. Metz, Hyeongil Kwak, T. L. Gustafson, Brian Laffin, Weston W. Porter

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer, Hypoxia, and Metabolism
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthMcGill University
Mots-clésAryl hydrocarbon receptor nuclear translocatorTransactivationRepressorGene isoformAlternative splicingBiologyTranscriptional regulationGenePAS domainMolecular biologyCell biologyTranscription factorGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Single-minded 1 and 2 are unique members of the basic helix-loop-helix Per-Arnt-Sim family as they are transcriptional repressors. Here we report the identification and transcriptional characterization of mouse Sim2s, a splice variant of Sim2, which is missing the carboxyl Pro/Ala-rich repressive domain. Sim2s is expressed at high levels in kidney and skeletal muscle; however, the ratio of Sim2 to Sim2s mRNA differs between these tissues. Similar to full-length Sim2, Sim2s interacts with Arnt and to a lesser extent, Arnt2. The effects of Sim2s on transcriptional regulation through hypoxia, dioxin, and central midline response elements are different than that of full-length Sim2. Specifically, Sim2s exerts a less repressive effect on hypoxia-induced gene expression than full-length Sim2, but is just as effective as Sim2 at repressing TCDD-induced gene expression from a dioxin response element. Interestingly, Sim2s bind to and activates expression from a central midline response element-controlled reporter through an Arnt transactivation domain-dependent mechanism. The differences in expression pattern, protein interactions, and transcriptional activities between Sim2 and Sim2s may reflect differential roles each isoform plays during development or in tissue-specific effects on other protein-mediated pathways.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,220
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2006
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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