Insertion sequence<i><i>AS5</i></i>(IS<i><i>AS5</i></i>) is involved in the genomic plasticity of<i><i>Aeromonas salmonicida</i></i>
Notice bibliographique
Résumé
The genome of the fish pathogen Aeromonas salmonicida subsp salmonicida harbors a large number of insertion sequences (ISs), many of which are located on plasmids. In the present study, we analyzed the small plasmid profile of A. salmonicida strains to identify evidences of plasmid alterations. Ten out of 78 strains analyzed displayed an unconventional plasmid profile. However the HER1104 strain was unique, having a positive PCR signal for pAsal1 plasmid despite not carrying this plasmid. Instead, HER1104 was bearing a plasmid at higher molecular weight than pAsal1. We characterized this new larger plasmid, which we called pAsal1B since it is a derivative of pAsal1 containing one more complete IS (ISAS5) than the parental plasmid. An additional 96 bp relic of ISAS5 was also present in pAsal1B. These results propose that ISAS5 is another active mobile genetic element in A. salmonicida subsp salmonicida and provided further proof of the genomic plasticity of this bacterium.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».