Structural Studies of Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor
Notice bibliographique
Résumé
The three isoforms of the inositol 1,4,5-trisphosphate receptor (IP(3)R) exhibit distinct IP(3) sensitivities and cooperativities in calcium (Ca(2+)) channel function. The determinants underlying this isoform-specific channel gating mechanism have been localized to the N-terminal suppressor region of IP(3)R. We determined the 1.9 Å crystal structure of the suppressor domain from type 3 IP(3)R (IP(3)R3(SUP), amino acids 1-224) and revealed structural features contributing to isoform-specific functionality of IP(3)R by comparing it with our previously determined structure of the type 1 suppressor domain (IP(3)R1(SUP)). The molecular surface known to associate with the ligand binding domain (amino acids 224-604) showed marked differences between IP(3)R3(SUP) and IP(3)R1(SUP). Our NMR and biochemical studies showed that three spatially clustered residues (Glu-20, Tyr-167, and Ser-217 in IP(3)R1 and Glu-19, Trp-168, and Ser-218 in IP(3)R3) within the N-terminal suppressor domains of IP(3)R1(SUP) and IP(3)R3(SUP) interact directly with their respective C-terminal fragments. Together with the accompanying paper (Yamazaki, H., Chan, J., Ikura, M., Michikawa, T., and Mikoshiba, K. (2010) J. Biol. Chem. 285, 36081-36091), we demonstrate that the single aromatic residue in this region (Tyr-167 in IP(3)R1 and Trp-168 in IP(3)R3) plays a critical role in the coupling between ligand binding and channel gating.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».