Abstract 5566: Phosphoproteomic profiling of Met / K-Ras signaling in colorectal cancer by label-free LTQ-Orbitrap mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of death from cancer overall. Mutations in the K-ras oncogene are the most frequently observed mutations in CRC. Activation of receptor tyrosine kinases, including Met, is also common in CRC. Co-activation of both Met and K-Ras could result in preferential over-activation of specific downstream cascade(s). To address the potential importance of Met and K-Ras tandem activation, we use the DLD1 CRC cell line model. DLD1 cells contain one mutated K-ras allele, resulting in a constitutively active protein. These cells express a relatively low level of Met. A derivative of this cell line, DKO4, has its mutant K-ras allele inactivated by somatic recombination. Our lab has previously shown that overexpression of Met in DLD1 cells (DLD1-Met) enhances the tumorigenicity and metastatic potential of these cells. This did not occur in DKO4-Met cells, suggesting that activated K-Ras is necessary for these Met-mediated processes. We hypothesize that Met and K-Ras co-operate to activate novel tumourigenic and metastatic signaling pathways. Methods: We undertook a label-free mass spectrometry (MS)-based proteomics examination of protein-phosphotyrosine (pY) in the DLD1 CRC model. DLD1-Met and DKO4-Met cells were enriched for pY-containing peptides and then analyzed by LC-MS/MS using an LTQ-Orbitrap mass spectrometer. Peptide quantification was achieved by using both peptide ion spectral counting and normalized extracted ion current methods. To determine ligand-dependent vs. -independent differences in Met signaling, the parental DLD1 and DKO4 cells were stimulated with an HGF time course. Previous results in the lab show that DLD1 cells with activated K-Ras have prolonged MAPK signaling in response to HGF compared to DKO4 cells. Results: 9 proteins were found to be differentially regulated in these DLD1-Met vs. DKO4-Met. Validation by Western blotting in the empty vector and Met-overexpressing lines confirmed MS findings, as well as uncovered some pY changes mediated by both Met and K-Ras. Results from temporal analyses of pY in response to HGF stimulation will be presented to address this occurrence and suggest mechanisms of Met and K-Ras dependent tumourigenesis. Conclusions: We have identified a phosphoproteomic network associated with Met/K-Ras signaling. It may include novel therapeutic targets or prognostic markers for CRC. Supported by the CIHR MOP-64345 and the CIHR Banting and Best Doctoral Research Graduate Scholarship to SO Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 5566.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».