Prokaryotic Homologs of the Eukaryotic 3-Hydroxyanthranilate 3,4-Dioxygenase and 2-Amino-3-Carboxymuconate-6-Semialdehyde Decarboxylase in the 2-Nitrobenzoate Degradation Pathway of<i>Pseudomonas fluorescens</i>Strain KU-7
Notice bibliographique
Résumé
The 2-nitrobenzoic acid degradation pathway of Pseudomonas fluorescens strain KU-7 proceeds via a novel 3-hydroxyanthranilate intermediate. In this study, we cloned and sequenced a 19-kb DNA locus of strain KU-7 that encompasses the 3-hydroxyanthranilate meta-cleavage pathway genes. The gene cluster, designated nbaEXHJIGFCDR, is organized tightly and in the same direction. The nbaC and nbaD gene products were found to be novel homologs of the eukaryotic 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase and 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase, respectively. The NbaC enzyme carries out the oxidation of 3-hydroxyanthranilate to 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde, while the NbaD enzyme catalyzes the decarboxylation of the latter compound to 2-aminomuconate-6-semialdehyde. The NbaC and NbaD proteins were overexpressed in Escherichia coli and characterized. The substrate specificity of the 23.8-kDa NbaC protein was found to be restricted to 3-hydroxyanthranilate. In E. coli, this enzyme oxidizes 3-hydroxyanthranilate with a specific activity of 8 U/mg of protein. Site-directed mutagenesis experiments revealed the essential role of two conserved histidine residues (His52 and His96) in the NbaC sequence. The NbaC activity is also dependent on the presence of Fe(2+) but is inhibited by other metal ions, such as Zn(2+), Cu(2+), and Cd(2+). The NbaD protein was overproduced as a 38.7-kDa protein, and its specific activity towards 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde was 195 U/mg of protein. Further processing of 2-aminomuconate-6-semialdehyde to pyruvic acid and acetyl coenzyme A was predicted to proceed via the activities of NbaE, NbaF, NbaG, NbaH, NbaI, and NbaJ. The predicted amino acid sequences of these proteins are highly homologous to those of the corresponding proteins involved in the metabolism of 2-aminophenol (e.g., AmnCDEFGH in Pseudomonas sp. strain AP-3). The NbaR-encoding gene is predicted to have a regulatory function of the LysR family type. The function of the product of the small open reading frame, NbaX, like the homologous sequences in the nitrobenzene or 2-aminophenol metabolic pathway, remains elusive.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».