Post-transcriptional Inhibition of Luciferase Reporter Assays by the Nod-like Receptor Proteins NLRX1 and NLRC3
Notice bibliographique
Résumé
Luciferase reporter assays (LRAs) are widely used to assess the activity of specific signal transduction pathways. Although powerful, rapid and convenient, this technique can also generate artifactual results, as revealed for instance in the case of high throughput screens of inhibitory molecules. Here we demonstrate that the previously reported inhibitory effect of the Nod-like receptor (NLR) protein NLRX1 on NF-κB- and type I interferon-dependent pathways in LRAs was a nonspecific consequence of the overexpression of the NLRX1 leucine-rich repeat (LRR) domain. By comparing luciferase activity and luciferase gene expression using quantitative PCR from the same samples, we showed that NLRX1 inhibited LRAs in a post-transcriptional manner. In agreement, NLRX1 also repressed LRAs if luciferase was expressed under the control of a constitutive promoter, although the degree of inhibition by NLRX1 seemed to correlate with the dynamic inducibility of luciferase reporter constructs. Similarly, we observed that overexpression of another NLR protein, NLRC3, also resulted in artifactual inhibition of LRAs; thus suggesting that the capacity to inhibit LRAs at a post-transcriptional level is not unique to NLRX1. Finally, we demonstrate that host type I interferon response to Sendai virus infection was normal in NLRX1-silenced human HEK293T cells. Our results thus highlight the fact that LRAs are not a reliable technique to assess the inhibitory function of NLRs, and possibly other overexpressed proteins, on signal transduction pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».