Smooth brome invasion increases rare soil bacterial species prevalence, bacterial species richness and evenness
Notice bibliographique
Résumé
Summary Plant and soil communities are tightly linked, but the mechanisms by which the invasion of an exotic plant and the resulting shifts in plant diversity and productivity influence soil bacterial community structure remain poorly understood. We investigated the effects of invasive smooth brome (Bromus inermis) on grassland soil bacterial community structure using massively parallel sequencing of the 16S rRNA gene to determine bacterial community richness, evenness, composition and beta diversity (UniFrac indices) of soils collected along a gradient of smooth brome abundance. We evaluated several hypotheses including: (a) that the declines in native plant diversity associated with smooth brome invasion would cause declines in bacterial community diversity and (b) that mechanisms driving smooth brome effects on bacterial community structure involved altered soil edaphic properties rather than preferential invasion in areas of high soil nitrogen and distinct soil microbial communities. Smooth brome invasion led to increased soil nitrogen, soil carbon and root biomass. Bacterial evenness and bacterial richness increased with increasing smooth brome cover, while bacterial beta diversity declined. We found no evidence of a dominant direct link between the alteration of soil edaphic properties by brome and the changes in the soil bacterial community. Rather, the main controls on the soil bacterial community were direct effects of pH and smooth brome that could not be linked to the edaphic changes. The most important effect of brome on the bacterial community was the selective suppression of dominant bacterial species, which allowed rarer bacteria to increase in relative abundance. Synthesis. Here, we show that plant community composition influences bacterial community structure at a very fine scale, but that these changes are not due to altered soil total nitrogen or carbon content. The dominant direct effect of smooth brome invasion on soil communities suggests non‐edaphic, that is inter‐ and intratrophic, interactions among smooth brome and non‐bacterial components of the soil ecosystem are key drivers of soil community structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».