DNA methylation signatures define molecular subtypes of diffuse large B-cell lymphoma
Notice bibliographique
Résumé
Expression profiling has shown 2 main and clinically distinct subtypes of diffuse large B-cell lymphomas (DLBCLs): germinal-center B cell-like (GCB) and activated B cell-like (ABC) DLBCLs. Further work has shown that these subtypes are partially characterized by distinct genetic alterations and different survival. Here, we show with the use of an assay that measures DNA methylation levels of 50,000 CpG motifs distributed among more than 14,000 promoters that these 2 DLBCL subtypes are also characterized by distinct epigenetic profiles. DNA methylation and gene expression profiling were performed on a cohort of 69 patients with DLBCL. After assigning ABC or GCB labels with a Bayesian expression classifier trained on an independent dataset, a supervised analysis identified 311 differentially methylated probe sets (263 unique genes) between ABC and GCB DLBCLs. Integrated analysis of methylation and gene expression showed a core tumor necrosis factor-α signaling pathway as the principal differentially perturbed gene network. Sixteen genes overlapped between the core ABC/GCB methylation and expression signatures and encoded important proteins such as IKZF1. This reduced gene set was an accurate predictor of ABC and GCB subtypes. Collectively, the data suggest that epigenetic patterning contributes to the ABC and GCB DLBCL phenotypes and could serve as useful biomarker.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».