Self-organization of the MinE protein ring in subcellular Min oscillations
Notice bibliographique
Résumé
We model the self-organization of the MinE ring that is observed during subcellular oscillations of the proteins MinD and MinE within the rod-shaped bacterium Escherichia coli. With a steady-state approximation, we can study the MinE ring generically--apart from the other details of the Min oscillation. Rebinding of MinE to depolymerizing MinD-filament tips controls MinE-ring formation through a scaled cell shape parameter r. We find two types of E-ring profiles near the filament tip: either a strong plateaulike E ring controlled by one-dimensional diffusion of MinE along the bacterial length or a weak cusplike E ring controlled by three-dimensional diffusion near the filament tip. While the width of a strong E ring depends on r, the occupation fraction of MinE at the MinD-filament tip is saturated and hence the depolymerization speed does not depend strongly on r. Conversely, for weak E rings both r and the MinE to MinD stoichiometry strongly control the tip occupation and hence the depolymerization speed. MinE rings in vivo are close to the threshold between weak and strong, and so MinD-filament depolymerization speed should be sensitive to cell shape, stoichiometry, and MinE-rebinding rate. We also find that the transient to MinE-ring formation is quite long in the appropriate open geometry for assays of ATPase activity in vitro, explaining the long delays of ATPase activity observed for smaller MinE concentrations in those assays without the need to invoke cooperative MinE activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».