Development and Application of a RT-NestPCR Assay for Differential Detection of C-Strain and Wild-Type Viruses of Classical Swine Fever Virus
Notice bibliographique
Résumé
<p>Due to the urgent need of differentiation of infected from vaccinated animals in control and eradication of classical swine fever (CSF) and the shortcomings of current differential diagnostic tools, this study is aiming to establish a RT-nestPCR assay for differential detection of wild-type viruses and lapinized Chinese vaccine strain (C-strain) of classical swine fever virus (CSFV) of high sensitivity. Two pairs of CSFV-specific primers were designed in the conservative regions of NS5B (a non-structural protein encoded by the CSFV genome, which performs the RNA dependent RNA polymerase activity) and 3? un-translated regions (3?-UTR) to encompass the T-rich insertion uniquely existing in the 3?-UTR of C-strain genome. Thus the amplification fragment of C-strain is longer than that of the wild-type viruses for it contains the T-rich insertion region. Two pairs of primers were used in combination and the wild-type viruses and C-strain of CSFV could be detected and accurately distinguished with a high sensitivity through super fine resolution (SFR) argarose gel electrophoresis that displays the different lengths of the amplicons. The detection limit of the C-strain and Shimen strain were respectively 4.5×10<sup>-2 </sup>pg and 3.2×10<sup>-2 </sup>pg of viral RNA. The results of the specificity test showed that this method can detect different strains of CSFV without amplifying other non-CSFV pathogens. The results of the detection of 400 clinical samples indicated that 16 samples were CSFV positive in total; in which 4 samples were C-Strain positive and 12 were wild-type CSFV positive. The total CSFV positive rate was 4%. The detection results of the 14 batches of C-Strain vaccines showed that all samples displayed bands of C-Strain amplicons in the SFR argarose gel electrophoresis and all vaccines were free of wild-type virus contamination. In conclusion, the RT-nestPCR assay established in the present study could supply a sensitive and specific test method for distinguishing wild-type CSFV infected animals from those vaccinated with C-strain vaccines in the field.</p>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».