Identification, structure, and differential expression of members of a BURP domain containing protein family in soybean
Notice bibliographique
Résumé
Expressed sequence tags (ESTs) exhibiting homology to a BURP domain containing gene family were identified from the Glycine max (L.) Merr. EST database. These ESTs were assembled into 16 contigs of variable sizes and lengths. Consistent with the structure of known BURP domain containing proteins, the translation products exhibit a modular structure consisting of a C-terminal BURP domain, an N-terminal signal sequence, and a variable internal region. The soybean family members exhibit 35-98% similarity in a -100-amino-acid C-terminal region, and a phylogenetic tree constructed using this region shows that some soybean family members group together in closely related pairs, triplets, and quartets, whereas others remain as singletons. The structure of these groups suggests that multiple gene duplication events occurred during the evolutionary history of this family. The depth and diversity of G. max EST libraries allowed tissue-specific expression patterns of the putative soybean BURPs to be examined. Consistent with known BURP proteins, the newly identified soybean BURPs have diverse expression patterns. Furthermore, putative paralogs can have both spatially and quantitatively distinct expression patterns. We discuss the functional and evolutionary implications of these findings, as well as the utility of EST-based analyses for identifying and characterizing gene families.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».