Associations of 25 structural, degradative, and inflammatory candidate genes with lumbar disc desiccation, bulging, and height narrowing
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To examine the allelic diversity of structural, inflammatory, and matrix-modifying gene candidates and their association with disc degeneration. METHODS: Subjects were 588 men ages 35-70 years. We investigated associations of single-nucleotide polymorphisms in AGC1 and in 12 collagen, 8 interleukin, and 4 matrix metalloproteinase genes with quantitative magnetic resonance imaging measurements of disc desiccation and disc bulging and height narrowing scores, after controlling for age and suspected risk factors. Analyses were performed using QTDT software. P values were derived from 1,000 permutations, and empirical P values for global significance also were applied. RESULTS: Twelve of the 99 variants in 25 selected candidate genes provided evidence of association (P < 0.05) with disc signal intensity in the upper and/or lower lumbar regions. Allelic variants of AGC1 (rs1042631; P = 0.001), COL1A1 (rs2075555; P = 0.005), COL9A1 (rs696990; P = 0.00008), and COL11A2 (rs2076311; P = 0.018) genes provided the most significant evidence of association with disc signal intensity. The same variants of AGC1 (P = 0.010) and COL9A1 (P = 0.014), as well as variants in the COL11A1 gene (rs1463035 [P = 0.004]; rs1337185 [P = 0.015]) were also associated with disc bulging, as was AGC1 with disc height narrowing (rs1516797; P = 0.005). In addition, 4 allelic variants in the immunologic candidate genes (rs2071375 in IL1A [P = 0.027]; rs1420100 in IL18RAP [P = 0.005]) were associated with disc signal intensity. CONCLUSION: Genetic variants account for interindividual differences in disc matrix synthesis and degradation. The accuracy of the quantitative disc signal intensity measurements we used likely enhanced our ability to observe these associations. Our findings shed light on possible mechanisms of degeneration and support the view that disc degeneration is a polygenetic condition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».