Genetic diversity of Mycoplasma hyopneumoniae isolates of abattoir pigs
Notice bibliographique
Résumé
Mycoplasma hyopneumoniae, the causative agent of porcine enzootic pneumonia, is present in swine herds worldwide. However, there is little information on strains infecting herds in Canada. A total of 160 swine lungs with lesions suggestive of enzootic pneumonia originating from 48 different farms were recovered from two slaughterhouses and submitted for gross pathology. The pneumonic lesion scores ranged from 2% to 84%. Eighty nine percent of the lungs (143/160) were positive for M. hyopneumoniae by real-time PCR whereas 10% (16/160) and 8.8% (14/160) were positive by PCR for M. hyorhinis and M. flocculare, respectively. By culture, only 6% of the samples were positive for M. hyopneumoniae (10/160). Among the selected M. hyopneumoniae-positive lungs (n=25), 9 lungs were co-infected with M. hyorhinis, 9 lungs with PCV2, 2 lungs with PRRSV, 12 lungs with S. suis and 10 lungs with P. multocida. MLVA and PCR-RFLP clustering of M. hyopneumoniae revealed that analyzed strains were distributed among three and five clusters respectively, regardless of severity of lesions, indicating that no cluster is associated with virulence. However, strains missing a specific MLVA locus showed significantly less severe lesions and lower numbers of bacteria. MLVA and PCR-RFLP analyses also showed a high diversity among field isolates of M. hyopneumoniae with a greater homogeneity within the same herd. Almost half of the field isolates presented less than 55% homology with selected vaccine and reference strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».