Assessing Postzygotic Isolation Using Zygotic Disequilibria in Natural Hybrid Zones
Notice bibliographique
Résumé
Hybrid zones as windows on evolutionary processes provide a natural laboratory for studying the genetic basis and mechanisms of postzygotic isolation. One resultant pattern in hybrid zones is the Hardy-Weinberg disequilibrium (HWD) for a single locus or the linkage disequilibrium (LD) for multiple loci produced by natural selection against hybrids. However, HWD and the commonly used low-order gametic or composite digenic LD cannot fully reflect the pattern of the high-order genotypic interactions. Here we propose the use of zygotic LD to elucidate the selection mechanisms of postzygotic isolation, and its calculation is based on genotypic frequencies only, irrespective of the type of mating system. We numerically and analytically show that the maximum composite digenic LD is always greater than the maximum absolute zygotic LD under the linear-additive selection, but is comparable to or smaller than the maximum absolute zygotic LD under the strong epistatic selection. Selection mechanisms can be inferred by testing such differences. We analyze a previously reported mouse hybrid zone assayed with genome-wide SNPs, and confirm that the composite digenic LD cannot appropriately indicate all possible significant genotypic interactions for a given SNP pair. A large proportion of significant zygotic LDs, ∼75% in general in the mouse hybrid zone, cannot be revealed from the composite digenic LD analysis. Statistical tests indicate that epistatic selection occurred among multiple loci in the mouse hybrid zone. The results highlight that the joint patterns of the composite digenic and zygotic LDs can help to elucidate the selection mechanism that is potentially involved in postzygotic isolation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».