Genetic analysis of Canadian isolates of C:2a:P1.2,5 and B:2a:P1.2,5<i>Neisseria meningitidis</i>strains belonging to the hypervirulent clone of ET-15
Notice bibliographique
Résumé
Isolates of the hypervirulent Neisseria meningitidis clone ET-15 found to express the serogroup B antigen were investigated and compared with representative members of serogroup B and C isolates. Clonal-clustering methods clearly grouped the B:ET15 isolates with C:ET15 isolates, indicating the only major difference between the two groups was in the capsule expressed. The organization of the cps operon from the B:ET15 isolates was found to be consistent with typical serogroup B isolates and differed from serogroup C isolates only in the sialyl transferase gene present. This suggests that these strains arose via recombination of the sialyl transferase gene. Specific points of recombination could not be identified, however, the majority (64%) of the B:ET15 isolates contained a copy of pseudo-IS1106 downstream of the cps operon indicating the potential for a common ancestral origin. The combination of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and sequence analysis of targeted regions of the cps operon permitted the differentiation of most B:ET15 isolates indicating that they likely arose from separate genetic events and do not represent the emergence and spread of a new clone. However, two isolates that appeared identical by all methods employed were temporally and geographically related although no epidemiological evidence is available indicating a link between these strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».