High-Efficiency Thermal Asymmetric Interlaced PCR (hiTAIL-PCR) for Determination of a Highly Degenerated Prophage WO Genome in a Wolbachia Strain Infecting a Fig Wasp Species
Notice bibliographique
Résumé
Temperate bacteriophage WO is a model system for studying tripartite interactions among viruses, bacteria, and eukaryotes, especially investigations of the genomic stability of obligate intracellular bacteria. Few WO genomes exist because of the difficulty in isolating viral DNA from eukaryotic hosts, and most reports are by-products of Wolbachia sequencing. Only one partial genome of a WO phage has been determined directly from isolated particles. We determine the complete genome sequence of prophage WO (WOSol) in Wolbachia strain wSol, which infects the fig wasp Ceratosolen solmsi (Hymenoptera: Chalcidoidea), by high-efficiency thermal asymmetric interlaced PCR. The genome of WOSol is highly degenerated and disrupted by a large region (14,267 bp) from Wolbachia. Consistent with previous molecular studies of multiple WO genomes, the genome of WOSol appears to have evolved by single nucleotide mutations and recombinations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».