Defining the minimum size of a hydrophobic cluster in two‐stranded α‐helical coiled‐coils: Effects on protein stability
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Notice bibliographique
Résumé
The alpha-helical coiled-coil motif is characterized by a heptad repeat pattern (abcdefg)(n) in which residues a and d form the hydrophobic core. Long coiled-coils (e.g., tropomyosin, 284 residues per polypeptide chain) typically do not have a continuous hydrophobic core of stabilizing residues, but rather one that consists of alternating clusters of stabilizing and destabilizing residues. We have arbitrarily defined a cluster as a minimum of three consecutive stabilizing or destabilizing residues in the hydrophobic core. We report here on a series of two-stranded, disulfide-bridged parallel alpha-helical coiled-coils that contain a central cassette of three consecutive hydrophobic core positions (d, a, and d) with a destabilizing cluster of three consecutive Ala residues in the hydrophobic core on each side of the cassette. The effect of adding one to three stabilizing hydrophobes in these positions (Leu or Ile; denoted as [see text]) was investigated. Alanine residues (denoted as [see text]) are used to represent destabilizing residues. The peptide with three Ala residues in the d a d cassette positions ([see text]) was among the least stable coiled-coil (T(m) = 39.3 degrees C and Urea(1/2) = 1.9 M). Surprisingly, the addition of one stabilizing hydrophobe (Leu) to the cassette or two stabilizing hydrophobes (Leu), still interspersed by an Ala in the cassette ([see text]), also did not lead to any gain in stability. However, peptides with two adjacent hydrophobes in the cassette ([see text])([see text]) did show a gain in stability of 0.9 kcal/mole over the peptide with two interspersed hydrophobes ([see text]). Because the latter three peptides have the same inherent hydrophobicity, the juxtaposition of stabilizing hydrophobes leads to a synergistic effect, and thus a clustering effect. The addition of a third stabilizing hydrophobe to the cassette ([see text]) resulted in a further synergistic gain in stability of 1.7 kcal/mole (T(m) = 54.1 degrees C and Urea(1/2) = 3.3M). Therefore, the role of hydrophobicity in the hydrophobic core of coiled-coils is extremely context dependent and clustering is an important aspect of protein folding and stability.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle