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Enregistrement W2059124184 · doi:10.1164/rccm.200609-1250oc

Gene Expression Profiling Identifies C/EBPδ as a Candidate Regulator of Endotoxin-induced Disseminated Intravascular Coagulation

2007· article· en· W2059124184 sur OpenAlexaff
Sjoukje H. Slofstra, A.P. de Groot, Maartje H. P. Obdeijn, Pieter H. Reitsma, Hugo Ten Cate, C. Arnold Spek

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Respiratory and Critical Care Medicine · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Response and Inflammation
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineRegulatorDisseminated intravascular coagulationGene expression profilingCoagulationGene expressionProfiling (computer programming)Computational biologyBioinformaticsIntensive care medicineGenePathologyInternal medicineGeneticsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

RATIONALE: A runaway inflammatory response to systemic infection or severe trauma is characterized by the activation of a diversity of pathways, ultimately resulting in the development of disseminated intravascular coagulation (DIC) and multiorgan failure. OBJECTIVES: Despite increased fundamental knowledge of the pathogenesis of DIC, the exact molecular mechanisms remain elusive. We aimed therefore to improve our understanding of the molecular pathways underlying endotoxin-induced DIC. METHODS: We performed large-scale gene expression profiling in the liver of mice during the onset of endotoxin-induced DIC. The relevance of an identified candidate gene involved in endotoxin-induced DIC was subsequently assessed in the generalized Shwartzman reaction. MEASUREMENTS AND MAIN RESULTS: Approximately 5% of over 20,000 genes were differentially regulated. In addition to well-established sepsis-associated genes, such as macrophage inflammatory protein 1, plasminogen activator inhibitor 1, CD14, and A20, we identified several novel candidates for inflammatory disease of which the transcription factor C/EBPdelta (CAAT/enhancer binding protein delta) was studied further. Induction of DIC in C/EBPdelta-deficient mice decreased endotoxin-induced systemic inflammation as compared with wild-type mice, as evident from decreased plasma levels of tumor necrosis factor-alpha and IL-6. In addition, C/EBPdelta deficiency partly protected against DIC-induced mortality. Interestingly, C/EBPdelta deficiency seemed mainly protective by improving renal function. This latter notion was confirmed in an experimental model of renal ischemia/reperfusion injury in which C/EBPdelta deficiency reduced ischemia/reperfusion-induced creatinine and urea levels. CONCLUSIONS: Our results endorse the usefulness of gene expression profiling in identifying novel mediators of DIC by showing that C/EBPdelta regulates specific pathologic features of this endotoxin-induced syndrome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,298
Écart entre enseignants0,287 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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