Structure and evolution of the<i>Cinful</i>retrotransposon family of maize
Notice bibliographique
Résumé
A maize cDNA clone was isolated by virtue of its intense hybridization to total maize genomic DNA, indicating homology to highly repetitive sequences. Genomic homologues were identified and subcloned from an adh1-bearing maize yeast artificial chromosome (YAC). Sequencing revealed that the expressed sequence was part of a Ty3-gypsy-type retrotransposon. We discovered and sequenced two complete retrotransposons of this family, and named them Cinful elements because they are members of a family of maize retrotransposons including Zeon-1 and the first plant transposable element sequenced, the solo long terminal repeat (LTR) called Cin1. All are defective, as Cinful-1 and Cinful-2 elements lack gag and Zeon-1 lacks pol homology. Despite the apparent lack of an intact "autonomous" element, the Cinful family has expanded to a copy number of about 18 000, representing just under 9% of the maize genome. Both point mutations and major rearrangements, including possible gene acquisition, differentiate members of the Cinful family. Cinful family members were found to have an unusual feature that we also observed in two other Ty3-class retrotransposons of teosinte and tobacco: related tandem repeats that separate their internal domains with a gag- or pol-containing homology from a 3' segment of unknown function. The conserved and variable features identified provide insights into the origin, mutational history, and functional components of this major constituent of the maize genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».