An improved SUMmOn‐based methodology for the identification of ubiquitin and ubiquitin‐like protein conjugation sites identifies novel ubiquitin‐like protein chain linkages
Notice bibliographique
Résumé
Ubiquitin (Ub) and the ubiquitin-like proteins (Ubls) comprise a remarkable assortment of polypeptides that are covalently conjugated to target proteins (or other biomolecules) to modulate their intracellular localization, half-life, and/or activity. Identification of Ub/Ubl conjugation sites on a protein of interest can thus be extremely important for understanding how it is regulated. While MS has become a powerful tool for the study of many classes of PTMs, the identification of Ub/Ubl conjugation sites presents a number of unique challenges. Here, we present an improved Ub/Ubl conjugation site identification strategy, utilizing SUMmOn analysis and an additional protease (lysyl endopeptidase C), as a complement to standard approaches. As compared with standard trypsin proteolysis-database search protocols alone, the addition of SUMmOn analysis can (i) identify Ubl conjugation sites that are not detected by standard database searching methods, (ii) better preserve Ub/Ubl conjugate identity, and (iii) increase the number of identifications of Ub/Ubl modifications in lysine-rich protein regions. Using this methodology, we characterize for the first time a number of novel Ubl linkages and conjugation sites, including alternative yeast (K54) and mammalian small ubiquitin-related modifier (SUMO) chain (SUMO-2 K42, SUMO-3 K41) assemblies, as well as previously unreported NEDD8 chain (K27, K33, and K54) topologies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».